蛋白質是多肽分子(或由多個多肽亞單位組成)。區(qū)別在于肽是短的，多肽蛋白質是長的。確定這些有幾種不同的約定，都有瑕疵。

一個慣例是，那些足夠短的肽鏈被稱為肽，而不是蛋白質，這些肽鏈可以由氨基酸合成。然而，隨著更好的合成技術的出現(xiàn)，可以制造長達數(shù)百個氨基酸的肽，包括像泛素這樣的完整蛋白質。天然的化學連接可以獲得更長的蛋白質，所以這種慣例似乎過時了。

另一個慣例是在大約50個氨基酸的長度處放置一個非正式的分界線(一些人聲稱長度更短)。然而，這個定義有些武斷。長肽，如與阿爾茨海默病相連的淀粉樣β肽，可以被認為是蛋白質；小蛋白質，如胰島素，可以被認為是肽。由于這一定義的隨意性，在科學界有相當多的人傾向于使用更具體的定義，即“肽是沒有二級結構的氨基酸分子；一旦獲得確定的結構，它就是蛋白質。"因此，根據(jù)環(huán)境的不同，同一分子既可以是肽也可以是蛋白質，盡管有些肽不能是蛋白質。

1.肽類別

根據(jù)肽的產生方式，肽主要分為以下幾類:

1.1.核糖體肽

核糖體肽是通過翻譯mRNA合成的。它們通常經過蛋白水解產生成熟形式。這些功能，通常在高等生物中，作為激素和信號分子。一些低等生物產生作為抗生素的肽，例如microcin J25。因為它們是翻譯的，所以涉及的氨基酸殘基僅限于核糖體利用的那些殘基，及其翻譯后修飾，如磷酸化、羥基化、磺化、二硫鍵形成等。一般來說，它們是線性的，雖然套索結構是常見的。然而，更奇特的操作確實發(fā)生了，例如外消旋化(如在鴨嘴獸毒液中)或使用非核糖肽模塊(見下文)(如在比司他胺a中)。

1.2.非核糖體肽

非核糖體肽是使用模塊化酶復合物(其功能很像工廠中的傳送帶)合成的。非核糖體肽主要局限于單細胞生物、植物和真菌。所有這些復合體都以相似的方式布局，并且它們可以包含許多不同的模塊來對開發(fā)中的產品執(zhí)行各種各樣的化學操作。一般來說，這些肽是環(huán)狀的(通常具有高度復雜的環(huán)狀結構)，盡管線性非核糖體肽是常見的。由于該系統(tǒng)是模塊化的，并且與構建脂肪酸和聚酮化合物的機制密切相關，因此經常發(fā)現(xiàn)雜化化合物。噁唑、噻唑和它們的還原對應物通常表明該化合物是以這種方式合成的。

1.3.胨類

蛋白胨來源于蛋白酶消化的動物肉。所得材料用作生長細菌和真菌的營養(yǎng)培養(yǎng)基中的蛋白質來源。

1.4.肽片段

指用于鑒定或定量來源蛋白質的蛋白質片段。這些通常是在實驗室對受控樣品進行酶降解的產物，但也可能是因自然作用而降解的法醫(yī)或古生物學樣品。

2.分子生物學中的肽

近來，由于幾個原因，肽在分子生物學中受到了重視。首先也是最重要的是，肽允許在動物體內產生抗體，而不需要純化感興趣的蛋白質。人們可以簡單地制備感興趣的蛋白質部分的抗原性肽。這些將足以在兔子或老鼠體內產生針對這種蛋白質的抗體。

另一個原因是肽已經成為質譜分析的工具，允許根據(jù)肽質量和序列鑒定感興趣的蛋白質。

肽最近被用于蛋白質[結構]和功能的研究。例如，合成肽可以用作探針來觀察蛋白質-肽相互作用發(fā)生的位置。

抑制肽也用于臨床研究，以檢查肽對癌蛋白和其他疾病的抑制作用。

3.肽家族

本節(jié)中的肽家族都是核糖體肽，通常具有激素活性。所有這些肽都由細胞合成為較長的“前肽"或“前蛋白"，并在離開細胞前被截短。它們被釋放到血液中，并在其中發(fā)揮其信號功能。

3.1.速激肽肽

• p物質
• 卡西寧
• 神經激肽A
• 欖香烯
• 神經激肽B

3.2.血管活性腸肽

• VIP血管活性腸肽
• 垂體腺苷酸環(huán)化酶激活肽
• PHI 27
• PHM 27
• 生長激素釋放激素
• 胰高血糖素
• 分泌素

3.3.胰多肽相關肽

• 神經肽y
• PYY肽YY
• APP禽胰多肽
• HPP人胰多肽

3.4.降鈣素肽

• 降血鈣素
• 胰淀素
• AGG01